Si hablamos de la topografía de Japón, destacamos que las islas montañosas del archipiélago forman un arco desde las costas del este de Asia.

El territorio incluye las islas Bonin y Iwo Jima. La particularidad de que Japón sea un archipiélago es que ningún punto de Japón está a más de 150 kilómetros del mar.

Las cuatro islas principales se encuentran separadas por angostos canales y tres de ellas por el Mar Interior de Seto. En el extremo meridional se encuentran las islas Ryukyu a 970 kilómetros al sur de Kyūshū.

El punto más cercano al continente asiático es la Península de Corea que se encuentra a 200 kilómetros. Siempre estuvo conectada con el continente a través de rutas marítimas de comercio. En el norte con Siberia, en el oeste desde las islas Tsushima hacia la península coreana y en el sur con los puertos del sur de China.

Tiene aproximadamente un 84 % de territorio montañoso. Sus islas son los picos de la cadena montañosa sumergida de la plataforma continental. Solo cerca del 25 % del territorio es llano y es donde se concentra la población.

En la mitad del Pacífico hay escarpadas montañas, que forman profundos valles y desfiladeros. En el centro convergen 3 cadenas montañosas formando los Alpes Japoneses. El punto más alto del territorio se encuentra en el Monte Fuji, un volcán dormido desde 1707 de 3776 metros ubicado en la prefectura de Shizuoka.

Ninguna de las llanuras o valles habitados es amplia. La más grande es la llanura de Kanto, en donde está situado Tokio, y solo tiene 17 mil km².

Los ríos de Japón suelen ser rápidos y abruptos, solo unos pocos son navegables y la mayoría suelen tener menos de 300 kilómetros de largo. A pesar de esto, Japón logra aprovechar estos ríos para producir energía hidroeléctrica. El río más largo del territorio es el Shinano,  pero solo tiene 367 kilómetros de largo.

La extensión de la costa navegable especialmente en el mar de Seto, compensa la falta de ríos navegables. La costa pacífica del sur de Tokio tiene la característica de ser larga y de aumentar su profundidad de forma muy gradual debido a la sedimentación.